Theo Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế (IUCN), có khoảng 30% đến 50% quần thể các loài san hô Acropora ở khu vực phân bố của A. batunaorum đang đứng trước nguy cơ bị tuyệt chủng. Do phụ thuộc vào môi trường sống san hô Acropora, hơn 30% quần thể của A. batunaorum được ước tính đã biến mất. Vì thế, loài này đang được xếp vào Loài sắp nguy cấp[1].